哈巴湖自然保护区是2006年2月经国务院批准的荒漠－湿地类型国家级自然保护区，总面积8.4万公顷。保护区在地貌上属于黄土高原向鄂尔多斯台地过渡地带；气候属于半干旱区向干旱区过渡地带；植被属于草原向荒漠草原过渡地带；资源利用属于农区向牧区过渡地带。特殊的地带类型孕育了丰富的动植物资源。保护区有野生维管束植物315种，分属54科167属，有脊椎动物25目50科140种和44个亚种，是一处不可多得的天然种质基因库和自然科学研究基地，具有重要的教学和科研价值。
保护区管理局下设办公室、生产科等10个部门；下辖城南、东门、柳杨堡、高沙窝、哈巴湖、二道湖、堡子台、骆驼井等8个分场和盐池森茂绿化有限公司等。